국방부가 병역대체복무 제도 중 산업기능요원과 전문연구요원 제도를 폐지키로 하여 큰 논란이 일고 있다. 이와 관련하여 과학기술계와 대학 등은 국가경쟁력을 위해 전문연구요원제도를 폐지하면 안 된다고 주장하면서 성명서 등을 발표하며 크게 반발하고 있다. 특히 이공계 대학원에서 근무하는 박사과정 전문연구요원의 경우 2019년부터 , 즉 불과 3년 뒤부터 뽑지 않을 예정으로 알려져 대학가에 큰 충격을 주고 있다.
국방부의 조치는 출산율의 저하로 인한 병력자원 수급 저하로 인해 발생한 구조적인 문제다. 출산율 저하로 인해 가용한 병력자원이 줄어들게 되면서 전체 병력을 줄이는 등 국방부가 자구책을 마련하고 있지만 충분한 병력이 확보되지 않아 병역대체복무 제도를 폐지할 수밖에 없다고 한다.

병력의 부족 문제는 하루이틀에 발생한 문제는 아니다. 이미 아이들이 출산한 때부터 충분히 예측가능한 문제였지만 정치권의 인기영합 정책으로 인해 국방부의 조정요구가 좌절되면서 더 이상 문제를 회피할 수 없는 상황에 몰리게 되었다.

형평성의 측면에서 전문연구요원 특히 이공계 박사과정 전문연구요원제도는 다소 문제가 있다. 굳이 국방산업 관련 연구를 수행하지 않더라도 이공계 박사학위과정을 수행하는 박사과정생에게만 병역대체를 인정하기 때문이다. 또한 과학기술원의 박사과정에 진학하는 이들에게는 전문연구요원 자동 편입을 인정해주고 그외의 학생들은 시험을 통해 선발되는 문제도 지니고 있다.  실제 다수의 대학원생들은 전문연구요원에 선발되기 위한 영어공부 때문에 정작 전공연구에 몰입하지 못한다는 지적까지 있다. 국방부는 이러한 형평성의 문제를 들어 모든 종류의 병역대체복무를 폐지하겠다는 입장을 표명했다.

먼저, 더 이상 논의를 미룰 수 없는 시점까지 문제의 해결을 미루어 온 정치권과 정부는 책임을 통감할 필요가 있다. 이미 예측가능한 문제를 지금까지 미뤄온 것은 업무태만이다.

둘째, 국방부는 현재의 병력 소요를 당연하게 여기지 말고 지원병제의 고려 등을 포함한 국방시스템의 혁신을 통해 병력활용의 효율화를 도모할 필요가 있다. 세계적으로 무인기, 무인함정, 무인정찰로봇 등이 현실화되고 있는 상황에서 국방의 패러다임을 적극적으로 변화시킬 필요가 있다.

셋째, 전문연구요원제도를 국방에 직접적으로 관련된 분야에 한정하여 유지하고, 입대 후 학문적 전문성을 활용할 수 있도록 전공과 병역과의 연관성을 높이는 노력이 필요하다. 이스라엘의 탈피오트를 받아들인 제도가 이미 운영되고 있지만 전문연구요원제도를 이에 포함시킬 필요가 있다.