작년 교육과학기술부에서 잡부금을 등록금 납부와 분리하여 선택납부제도를 시행하도록 한 결과 대학생들의 불이익이 더 커졌다. 잡부금은 대학 등록금이 아닌 특수한 목적에 사용되는 비용으로서 우리대학교의 경우 학생회비, 연세춘추비, 방송비, 보건비, 건강공제회비, 생협출자금, 동문회 관련 비용, 졸업비와 앨범비 등이 이에 해당한다. 
잡부금의 통합고지 납부에 대해서는 설왕설래가 있다. 잡부금을 등록금에 포함하는 것은 전체 등록금 액수뿐만 아니라 등록금 인상률 또한 상승시키는 결과를 가져와 대학들이 꺼려해 왔다. 교육부는 이미 등록금은 입학금, 수업료 및 기성회비만을 고지하도록 하고 기타 비용에 대해서는 자율경비라는 이름을 붙여 등록금과 통합고지를 하는 일이 없도록 했었지만, 대학들이 이에 따르지 않자 결국 위와 같은 비용을 등록금에 통합하여 고지하는 경우에 불이익을 주겠다고 고지했다. 이에 우리대학교의 경우에는 이번학기부터 이러한 경비를 선택납부하도록 했다.
그러나 이러한 선택납부제의 시행 결과는 결국 학생들의 불편함과 불이익으로 나타나고 있다. 이는 선택납부제 아래에서 일단 납부를 면한다는 당장의 개인적 이익만 표면적으로 드러날 뿐, 해당 경비가 가져오는 집단적 혜택과 모든 학생이 같이 납부할 때 얻는 이익에 대한 설명이나 안내가 없었던 탓이다. 해당 경비로 운영되는 사업은 대체로 규모의 경제가 적용되는 것들이다. 해당 사업은 전체 학생이 부담하는 정도의 비용이 마련되어야 지속적으로 영위될 수 있는 규모로, 일부 학생이 납부하는 경비로는 제대로 운영을 할 수 없다. 물론 학생들의 자율적인 선택에 따른 것이므로 문제가 되지 않는다고 주장하는 시각도 있다. 그러나 해당 경비는 대학 구조에 편입되어 있는 대학 시스템을 운영하기 위한 경비인 만큼 학생 전체가 함께 부담하도록 해서 운영의 효과성과 효율성을 달성하도록 하는 것이 바람직하다. 오히려 자율경비로 분류할 것이 아니라 등록금과 같이 대학 사회를 운영하는 데 필요한 고정비용으로 편입하는 것이 필요하다. 단지 민원이 제기 된다는 이유만으로 자율경비라는 이름하에 이러한 대학 시스템이 운영되지 못하도록 한 교육부의 처사에 낙제점을 주고 싶다.